环境规划研究所特色业务：全省生态文明建设重大问题、中长期环境保护战略研究；环境保护综合规划的编制、评估与考核；生态文明建设规划、城市（群）环境总体规划的编制；环境功能区划和生态红线优化调整等。绿色经济发展战略、环境经济政策研究；战略环评；绿色发展、生态环境损害、资源环境承载力和环境容量等评估工作；自然资源资产审计等；
环境标准政策研究所特色业务：环境法规、环境管理政策、环境经济政策、环境管理体制机制、环境标准等研究工作；负责制订环境标准的技术方法研究；开展环境政策与标准实施绩效评估工作；开展相关环境技术咨询服务；做好环境法规、政策与标准管理等技术支撑工作。
生态环境研究所特色业务：生态环境保护政策研究；生态创建规划及验收报告编制；生态验收调查（监测）方案编制及技术评估；开展农村生态环境保护、自然保护区和生态红线区等重点区域生态环境质量调查、生物多样性保护等工作。
大气环境研究所特色业务：大气污染防治规划、城市空气质量达标规划编制；大气污染源排放清单及来源解析；大气环境影响模拟预测及容量总量分配，新型污染物（VOCs及其组分、臭氧、PM2.5等）实时监控及溯源等。
水环境研究所特色业务：流域水污染防治规划、水质较好江河湖泊保护规划、饮用水源地保护规划、地下水污染防治规划、断面达标等相关规划及实施方案编制；区域水环境治理工程、水生态修复工程方案设计、水生态安全调查与评估；太湖和淮河等重点流域水环境整治、河流断面达标整治、黑臭河流治理、水生态修复等方案研究与实施绩效评估工作等。
土壤环境研究所特色业务：土壤和重金属污染防治规划编制；污染土壤调查及修复技术研究；污染土壤环境调查、风险评估的方案编制；土壤修复工程的方案编制与实施；开展涉重、涉土可研等咨询业务。
固体废物及化学品管理研究所特色业务：固体废物污染防治规划编制；固体废物及化学品管理风险防控和污染防治技术研究；园区重点企业固体废物综合整治方案编制；危险废物产生和处置单位规范化整治技术指导；固体废物特性分析及鉴别；化工园区化学品及危险废物全过程信息化管理平台构建等。
环保产业技术研究所特色业务：环保新技术及清洁生产技术研发、引进、评估和推广，技术中介和咨询服务；配合省厅开展重点企业清洁生产审核的评估与督查验收、清洁生产示范企业的评定；司法鉴定与环境污染损害评估等。
环境工程技术研究所特色业务：废水、废气、固废处理工程设计；河湖生态治理及修复工程设计；有机废气全方位核查与治理（含LDAR）；化工园区环保综合治理；项目建议书、资金申请报告、可行性研究报告、招标咨询报告、技术评估等环境工程咨询业务；环保工程总包管理EPC；工业废水、生活污水及固废处理等环保设施委托运营。
实验与分析测试中心(司法鉴定所）特色业务：作为省科技公共服务平台，联合高校和科研院所开展关键技术研究；承担委托环境监测任务，组织开展相关检测分析培训；固体废物危险特征鉴别的相关检测工作；开展院有关环境损害司法鉴定业务及相关研究工作；负责环境损害司法鉴定业务的技术管理；承担环境损害司法鉴定工作的质量管控、人员培训等工作；重点环保治理技术的小试、中试研究等。
除特色业务外，各部门均对外开展其他环境咨询业务，主要包括：规划环评、环境影响后评价、专项规划、环保核查、环境监理、应急预案、整治方案、生态修复方案、环保竣工验收、可行性研究、清洁生产审核、环保顾问等以及其他新兴的环境咨询业务。
